SANTIAGO, Chile.- Científicos han desarrollado una base de datos denominada “SalmonDB” que incluye unigenes de los datos EST, anotaciones funcionales de CoDing Sequences (CDS), orthology relaciones a otros genomas de peces, mapeo de información sobre las vías metabólicas, entre otras, para el salmón del Atlántico (Salmo salar) y la trucha arco iris (Oncorhynchus mykiss).
El salmón del Atlántico y la trucha arco iris son peces de importancia para la acuicultura, y han venido siendo estudiados de forma extensa desde una perspectiva biológica. Además, el interés científico como especies modelos ha generado investigaciones en varios aspectos como genética, fisiología, inmunología y ecología. Esta enorme cantidad de información ha sido enriquecida por un incremento significativo en la investigación en genómica.
El mayor desafío en los estudios de genómica del salmón del Atlántico y la trucha arco iris es la complejidad de sus genomas y la presencia de un gran número de elementos repetidos en su genoma, llevo a los científicos de Universidad de Chile ha desarrollar una base de datos denominada “SalmonDB”.
SalmonDB fue construido con el visor de genoma Gbrowse, un componente del proyecto GMOD, el proyecto BioMart y la ontologia GOParc y otras herramientas que son parte del sistema de anotación del genoma GENDB.
Dirección web de la Base de Datos SalmonDB:
http://genomicasalmones.dim.uchile.cl/
Contacto:
Andrés Aravena
Telf. +56 2 978 4870
Email: andres.aravena@dim.uchile.cl
Referencia:
Di Génova A., A. Aravena, L. Zapata, M. González, A. Maass, and P. Iturra. 2011. SalmonDB: a bioinformatics resource for Salmo salar and Oncorhynchus mykiss. Database (Oxford). 2011 Nov 26
doi: 10.1093/database/bar050
