México.- La microbiota juega roles esenciales en el desarrollo y la fisiología del huésped, como prevenir el crecimiento de bacterias patogénicas, modula la respuesta inmune, la absorción de nutrientes, regula los procesos metabólicos y produce vitaminas. No obstante, la microbiota esta modulada por el ambiente que rodea al huésped.
El camarón es el producto marino que más se comercializa en todo el mundo, y su microbiota juega un rol esencial en su desarrollo, fisiología y salud. Los primeros estudios del microbiota del camarón se dieron en los años 60, en donde las comunidades bacterianas fueron aislados de los órganos del camarón usando enfoques de microbiología tradicional. En los últimos años, el secuenciamiento de alto rendimiento del gen 16S de la subunidad ribosómica pequeña (gen 16S rRNA) permite el estudio de los microorganismos que conforman el microbioma.
De acuerdo con los reportes de los científicos, existen significativos sesgos técnicos y bioinformáticos cuando se comparan los resultados del microbioma de diferentes estudios. Las diferencias técnicas principalmente incluyen la selección de una región amplificada de 16S rRNA, el uso de diferentes primers PCR y los protocolos de extracción de DNA; mientras que las diferencias en la bioinformática incluye la selección de la base de datos para la taxonomía asignada, el uso de diferentes algoritmos de agrupamiento, y la calidad de filtrado de las secuencias.
Los sesgos pueden ser minimizados por estudios del amplicón 16S rRNA usando datos públicos y analizarlos con métodos de bioinformática similares, ayudando a establecer los mejores protocolos para caracterizar la microbiota de un nicho dado. Para satisfacer estas necesidades de investigación, los científicos de la Universidad Nacional Autónoma presentan un meta-análisis de la microbiota del camarón usando todos los datos disponibles de los datos de secuenciamiento 16D rRNA.
Ellos analizaron 199 muestras de 16 estudios, y observaron que a pesar del alto impacto que los protocolos técnicos y análisis tienen sobre la estructura de la microbiota, factores del huésped como el estilo de vida, órgano y estado de desarrollo son suficientemente robustos para agrupar significativamente las muestras.
“Después de asignar la taxonomía para todas las 199 muestras, nosotros observamos una presencia dominante de Proteobacteria, Firmicutes y Bacteroidetes, las mismas que previamente habían sido reportadas como dominantes en la microbiota de los camarones” reportan los científicos.
Existe un creciente interés en el efecto de diferentes composiciones de la dieta sobre la microbiota del camarón y como esto puede mejorar el metabolismo, el crecimiento y el estado de salud de este organismo.
De acuerdo con los resultados del ANOSIM, el ambiente (marino o agua dulce) es el factor biológicos más importante que modula la microbiota del camarón, mostrando que las muestras de agua dulce tuvieron una mayor diversidad bacteriana que los camarones de un ambiente marino. “Además de los factores técnicos, el ANOSIM y PERMANOVA indican que todas las muestras de camarón marino fueron agrupados significativamente por estilo de vida, seguido por el órgano y el estado de desarrollo, demostrando que los factores biológicos significativamente dan forma a la estructura y función de la microbiota del camarón” concluyen los científicos.
Por otro lado, ellos reportan que en la búsqueda de los datos de secuenciamiento de la microbiota del camarón, encontraron varias limitaciones: (i) solo el 60% de los datos de secuenciamiento 16S rRNA esta disponible de forma pública; y (ii) hay varios datos de secuenciamiento depositados en un solo archivo que incluye muestras de diferentes condiciones que hacen imposible obtener los datos para cada muestra.
Referencia (abierto):
Cornejo-Granados F, Gallardo-Becerra L, Leonardo-Reza M, Ochoa-Romo JP, Ochoa-Leyva A. (2018) A meta-analysis reveals the environmental and host factors shaping the structure and function of the shrimp microbiota. PeerJ 6:e5382 https://doi.org/10.7717/peerj.5382
https://peerj.com/articles/5382/
