Científicos revelan nueva y mejorada secuencia del genoma de la pulga de agua

Francia.- La pulga de agua (Daphnia pulex) es utilizada frecuentemente para experimentos científicos que evalúan la toxicidad del agua, debido a su sensibilidad a los factores ambientales. Una nueva investigación revela una nueva y mejorada secuencia de genoma del organismo.

La nueva secuencia del genoma de la pulga de agua provee un mapa de ruta más claro del genoma del organismo, para que se pueda identificar los genes y las vías que hacen que esto organismos sea exitoso en los ecosistemas de agua dulce.

 

Las poblaciones de pulga de agua se pueden encontrar virtualmente en cada cuerpo de agua, incluido la Antártida. Ellas evolucionan rápidamente y son maestros para responder a las condiciones en sus ambientes. Al detectar las señales química de los depredadores cercanos, algunas especies de Daphnia desarrolla estructura de defensa elaboradas como espinas y cascos que los hacen más difíciles de comer. Aun cuando los científicos conocen sobre las adaptaciones de estos organismos a las diversas condiciones, todavía desconocen como lo hacen.

 

“Esta es la razón por la cual un sistema como este es poderoso” manifestó Michael E. Pfrender, director del Genomics & Bioinformatics Core Facility y profesor asociado en el Department of Biological Sciences and the Environmental Change Initiative en la University of Notre Dame. “Necesitamos esta infraestructura genómica para adicionar al contexto ecológico que ya tenemos para conocer mejor como la Daphnia se adapta. Debido a que tenemos una secuencia del genoma mejorado, podemos obtener un catálogo más preciso de los genes y al pensar sobre la respuesta al ambiente y las señales químicas, las vías de activación y desactivación de los genes es lo importante. La imagen es mucho más completa que antes”.

 

La pulga de agua juega un rol vital en la ecología de la Tierra. Al alimentarse de microalgas en las aguas dulces, ellos son los principales herbívoros en aquellos ecosistemas, las “vacas de los lagos” destacó Pfrender. Ellos también son el forraje primaria, transfiriendo toda la energía a los peces que los comen. Al entender como la Daphnia responde a los elementos tóxicos como los contaminantes industriales, proliferaciones de algas tóxicas o estrés termal, los científicos podrán conocer como los cambios ambientales causados por la agricultura y la escorrentía de las carreteras o las temperaturas elevadas y el cambio climático puede impactar las poblaciones en lagos, ríos y otros cuerpos de agua.

 

Referencia (abierto):
Zhiqiang Ye, Sen Xu, Ken Spitze, Jana Asselman, Xiaoqian Jiang, Matthew S. Ackerman, Jacqueline Lopez, Brent Harker, R. Taylor Raborn, W. Kelley Thomas, Jordan Ramsdell, Michael E. Pfrender and Michael Lynch. A New Reference Genome Assembly for the Microcrustacean Daphnia pulex. G3: GENES, GENOMES, GENETICS May 1, 2017 vol. 7 no. 5 1405-1416; https://doi.org/10.1534/g3.116.038638
http://www.g3journal.org/content/7/5/1405