Texas, EEUU.- Científicos publicaron un nuevo ensamblaje del transcriptoma del camarón blanco del Pacífico (Litopenaeus vannamei). Su anotación funcional es proveída libremente.
El camarón blanco es la principal especie de crustáceo que se viene cultivando en todo el mundo, esto ha generado una demanda por herramientas genéticas en esta especie que puedan ser aplicadas a la nutrición, reproducción, desarrollo y resistencia a las enfermedades infecciosas.
Existen varias RNA-Seq e informes de transcriptoma para el camarón blanco; sin embargo, un nuevo informe de científicos del Texas A&M AgriLife Research, de la Universidad Nacional Autónoma de México, del Texas A&M University, del Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo (CIAD) en México, del Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del IPN en México, y del Pittsburgh Supercomputing Center, presenta el trabajo de descubrimiento genético más extenso en la especie a la fecha y el primero en poner a disposición de la comunidad científica una extensa anotación funcional.
Los científicos emplearon Illumina Hiseq para experimentos de RNA-Seq en el hepatopáncreas, branquias, pleópodos y músculo abdominal de una camarón macho para producir un montaje robusto agrupado del transcriptoma para el L. vannamei usando el software Trinity.
Los resultados están disponibles en:
http://repository.tamu.edu/handle/1969.1/152151
Referencia:
Ghaffari, Noushin; Sanchez-Flores, Alejandro; Ryan, Doan; Garcia-Orozco, Karina D; Chen, Patricia L.; Ochoa-Leyva, Adrian; Lopez-Zavala, Alonso A.; Carrasco, J. Salvador; Hong, Chris; Brieba, Luis G.; Rudino-Pinera, Enrique; Blood, Philip D.; Jason A., Sawyer; Johnson, Charles D.; Dindot, Scott V.; Sotelo-Mundo, Rogerio R.; Criscitiello, Michael F. (2014). Novel transcriptome assembly and improved annotation of the whiteleg shrimp (Litopenaeus vannamei), a dominant crustacean in global seafood mariculture. Scientific Reports 4, Article number: 7081 doi:10.1038/srep07081
http://www.nature.com/srep/2014/141125/srep07081/full/srep07081.html
