Genética

Nueva generación de secuenciamiento de genes puede ayudar a identificar especies de carpas invasoras

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By Milthon Lujan

EEUU.- Un proyecto para mapear los microbios presentes en los sistemas digestivos de las especies de peces se muestra prometedor para monitorear la presencia de las carpas asiáticas en los cuerpos de agua de Chicago, y para prevenir su diseminación, según un estudio publicado en el ISME Journal de Nature.

El trabajo, financiado a través de la U.S. Environmental Protection Agency Great Lakes Restoration Initiative, viene siendo conducida por los científicos de la University of Illinois at Urbana-Champaign y del U.S. Geological Survey (USGS).

Carpas asiáticas es el termino usado para referir a varias especies de peces invasores entre las cuales se incluyen las carpas plateada, cabezona y negra. Las carpas cabezona y plateada ya han invadido una gran parte de la cuenca del rió Mississippi, donde compiten por alimento con las especies nativas y dominan las comunidades acuáticas. Las carpas son considerados como una de las severas especies acuáticas invasoras que amenazan los Grandes Lagos, según la Asian Carp Regional Coordinating Committee (ACRCC).

La ACRCC esta coordinando los esfuerzos de las agencias federales, estatales, locales y privadas para desarrollar un programa de control de carpas asiáticas. Los esfuerzos para controlar los peces incluyen la investigación para entender su fisiología y comportamiento, y como ellos difieren de las especies nativas, con la finalidad de desarrollar sistemas efectivos de monitoreo y gestión.

La microbiota del intestino, las comunidades microbianas presentes en los tractos digestivos de los organismos vivos, son únicos, según Wen-Tso Liu, co-autor del estudio y profesor en Ilinois. Por esta razón, el análisis cuidadoso de la microbiota del intestino de los peces puede revelar biomarcadores específicos en las heces de los peces que indican la presencia de especies especificas, permitiendo el desarrollo de sistemas de monitoreo precisos.

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Los científicos usan una tecnología de secuenciamiento de genes de nueva generación denominada 16S pirosecuenciador, que se concentra en las secuencias del gen 16S rRNA, para analizar la microbiota del intestino de las carpa plateada invasora y del pez nativo gizzard. Ellos descubrieron biomarcadores potenciales para la carpa plateada y están trabajando para refinarlos, dijo Liu.

Además, la investigación permitió identificar algunas similaridades y diferencias importantes.

Referencia:
Lin Ye, Jon Amberg, Duane Chapman, Mark Gaikowski, Wen-Tso Liu. Fish gut microbiota analysis differentiates physiology and behavior of invasive Asian carp and indigenous American fish. The ISME Journal, 2013; DOI:10.1038/ismej.2013.181

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