Brasil – Base de datos miRTil reúne información de microRNA que permitirá la manipulación genética de rasgos de importancia económica (crecimiento, resistencia a enfermedades, etc) de la tilapia del Nilo.
La tilapia es el tercer pez más cultivado en todo el mundo y una especie modelo para estudio evolutivos. Con el objetivo de mejorar la productividad y contribuir con la selección de rasgos de impacto económico, se han aplicado enfoques biotecnológicos de forma intensiva.
La tilapia del Nilo es un pez de gran importancia económica, esto ha generado que la comunidad científica este interesada en revelar los mecanismos moleculares que gobiernan los genotipos de interés económico, como la diferenciación sexual, el crecimiento muscular, lipogénesis y la resistencia a las enfermedades.
Los investigadores han demostrado que rasgos económicamente interesante de plantas y animales pueden alterarse mediante la manipulación microRNA (miRNAs). Estas pequeñas moléculas endógenas de ARN de aproximadamente 22 nucleótidos de longitud son reguladores postranscripcionales de la expresión génica.
miRNAs han sido asociados con relevantes rasgos económicos de la tilapia del Nilo, como la diferenciación sexual, el crecimiento muscular y la resistencia a las enfermedades. No obstante, la mayor parte de los datos miRNA específicos para la tilapia del Nilo están disponibles en formato de texto en la literatura científica.
Esta limitante genera que los científicos deban usar metodologías de trabajo no automatizados para establecer relaciones entre los perfiles de expresiones miRNA y los rasgos económicamente relevantes.
Inspirados en bases de datos miRNA específicos para especies, los científicos del Instituto de Biociencia de Botucatu de la Universidad Estatal de Sao Paulo (UNESP), de la Université du Luxembourg, y de la University of East Anglia (UEA), desarrollaron una base de datos de acceso abierto para hospedar los datos miRNA de tilapia del Nilo, la base de datos “miRTil”.
La base de datos miRTil provee, para cada miRNA, su estructura básica, coordenadas genómicas y caracterización del contexto (intrónico, exónico o intergénico), los objetivos pronosticados y los perfiles de expresión en todos los tejidos, y la abundancia relativa de miR-5p y miR-3p maduros.
miRTil almacena datos de 734 miRNAs maduros identificados en 11 tejidos distintos y cinco etapas claves de desarrollo. La base de datos puede ser descargada en diferentes formatos: los valores de los niveles de expresión miRNAs pueden ser descargado en formato Excel (.xls), miRNA y la información objetivo mRNA puede ser descargada en formato texto (.txt) o en formato de valores separados por comas (.csv), y las secuencias de miRNA maduros y precursores pueden ser descargados en formato FASTA.
miRTil fue creada como una fuente de datos complementaria a miRBase para integrar la información sobre miRNAs de tilapia del Nilo y ayudar a los científicos interesados en conocer los mecanismos regulatorios de miRNA. La base de datos se especializa en presentar información miRNA obtenido de las técnicas de RNA-seq y los resultados de los análisis bioinformáticos.
“Nosotros hemos desarrollado una base de datos detallada para miRNAs de tilapia del Nilo. La base de datos miRTil es accesible a través de una interfaz de acceso abierto y amigable con el usuario” destacan los investigadores.
La investigación fue financiada por São Paulo Research Foundation (FAPESP). La base de datos miRTil está disponible gratuitamente en https://www.lbbc.ibb.unesp.br/mirtil
Referencia (acceso abierto):
Bovolenta, Luiz A.; Pinhal, Danillo; Acencio, Marcio L.; Oliveira, Arthur C.; Moxon, Simon; Martins, Cesar; Lemke, Ney. 2020. «miRTil: An Extensive Repository for Nile Tilapia microRNA Next Generation Sequencing Data.» Cells 9, no. 8: 1752. https://doi.org/10.3390/cells9081752
