EEUU.- Científicos desarrollaron una significativa mejora del ensamblaje del genoma de tilapia usando los últimos métodos de secuenciamiento del genoma y demostraron que este mejora la caracterización de dos regiones de determinación del sexo en dos especies de tilapia.
Las tilapias se encuentran entre las especies acuícolas más cultivadas, y su producción continúa creciendo en todo el mundo. Un aspecto importante de la producción comercial es el control de la diferenciación sexual. Los machos alcanzan la talla comercial en menor tiempo que las hembras.
La determinación del sexo en las tilapias es principalmente genética, aunque los factores ambientales también juegan un rol. Como grupo, las tilapias y sus especies relacionadas de otros cíclidos, son un sistema modelo prometedor para entender la red de genes que controlan la determinación del sexo en los vertebrados.
El trabajo para identificar los genes subyacentes a cada una de estos determinadores del sexo se ha visto obstaculizado por la naturaleza incompleta de los ensamblajes de genoma propuestos, y por el descubrimiento de que muchos de estos determinantes del sexo están localizados en grandes bloques de secuencias altamente diferenciadas y algunas veces repetitiva.
Científicos de la University of Maryland y de la University of Stirling (Escocia) informaron de un nuevo ensamblaje del genoma de la tilapia obtenido de las lecturas de secuencias PacBio. “Este conjunto contiene gran parte de la secuencia que falta de ensamblajes anteriores, y está entre los genomas ensamblados de los vertebrados a la fecha. Utilizamos este nuevo ensamblaje para caracterizar el loci de determinación del sexo de la tilapia previamente identificada en LGs 1 y 3”. reportaron.
“Este estudio provee un nuevo ensamblaje y anotación de la tilapia del Nilo, que provee un referencia de alta calidad para la comunidad de investigación de los cíclidos, así como para el estudio de la evolución de los genomas de los vertebrados” concluyen los científicos.
Ellos reportan que el número anotado de genes se incrementó en 27.3% con respecto a ensamblajes previos de la tilapia del Nilo.
“Finalmente, el ensamblaje de tilapia del Nilo fue usado para caracterizar mejor dos regiones grandes de determinación del sexo. El primero es una región ~9MBp en Oreochromis niloticus y el segundo es una región ~50Mbp en la especies relacionada Oreochromis aureus” informaron.
Los científicos destacan que la caracterización de estas regiones de determinación del sexo tendrá importantes implicaciones económicas para la tilapia de cultivo.
Referencia (abierto):
Matthew A. Conte, William J. Gammerdinger, Kerry L. Bartie, David J. Penman and Thomas D. Kocher. 2017. A high quality assembly of the Nile Tilapia (Oreochromis niloticus) genome reveals the structure of two sex determination regions. BMC Genomics 2017, 18:341. DOI: 10.1186/s12864-017-3723-5
https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3723-5
