Genética

Identifican SNP relacionado a la resistencia contra la AHPND en el camarón blanco

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By Milthon Lujan

Qingdao, China.- Un estudio determinó que el secuenciamiento fue efectivo para identificar los marcadores asociados con rasgos económicos, y los SNPs identificados pueden ser usados como marcadores moleculares para la crianza de reproductores de L. vannamei resistentes al AHPND.

En los últimos años, debido al cultivo intensivo y el deterioro del medio ambiente, las enfermedades infecciosas causadas por los virus y bacterias ha conducido a severas pérdidas de producción. La enfermedad de la necrosis hepatopancreática aguda (AHPND), también llamada síndrome de la mortalidad temprana, es devastadora y usualmente ocurre 35 días después de la siembra en los estanques de cultivo, y la mortalidad alcanza entre 40 a 100%. Se ha reportado que Vibrio parahaemolyticus que contiene la toxina binaria relacionado con el insecto Photorhabdus fue el agente patogénico de AHPND.

Muchos genes relacionados con la inmunidad están involucrados en la defensa del camarón contra la infección de V. parahaemolyticus. Esta infección activa fuertemente los genes envueltos en el crecimiento celular y anti-apoptosis. Además, la expresión de los genes que codifican los efectores inmune fue significativamente sobre-regulada después del desafío con V. parahaemolyticus. Aún cuando se han realizado algunos estudios, no se han identificado estrategias efectivas para controlar la enfermedad.

La crianza de reproductores de camarón resistentes a la enfermedad ha sido un enfoque eficiente. Comparado a las técnicas de crianza tradicionales, la selección asistido por marcadores es más eficiente, ahorra tiempo y no tiene impacto ambiental. Estudios previos indican que el polimorfismo de los genes está muy asociado con los rasgos económicos. Los genes relacionados con la inmunidad usualmente son considerados como candidatos óptimos para la selección de marcadores asociados con la resistencia a patógenos.

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Los Polimorfismo de un solo nucleótido (SNPs) son un tipo de marcadores ampliamente usados para la selección asistida por marcadores (MAS) debido a su alto polimorfismo y abundancia en el genoma. Esto ya viene siendo usado en especies acuáticas para facilitar la crianza selectiva y acelerar el descubrimiento de genes relacionados a los rasgos económicos, como alto crecimiento, resistencia a enfermedades, precocidad y conformación del cuerpo.

En los últimos años, los estudios genéticos moleculares sobre el camarón Litopenaeus vannamei han hecho grandes progresos, como la identificación de SNPs del transcriptoma y la construcción de un mapa de linaje de alta densidad. Estos estudios proveen información fundamental para identificar los rasgos cuantitativos de los genes y los rasgos cuantitativos de los nucleótidos (QTNs) para la característica de resistencia al AHPND.

La búsqueda de SNPs o genes asociados con AHPND es un trabajo básico para revelar los mecanismos moleculares de la defensa del camarón contra la infección bacteriana y también será beneficioso para el MAS o la selección asistida por genes en el camarón. Sin embargo, los marcadores relacionados al rasgo de resistencia al AHPND del camarón han sido por reportados hasta ahora. Científicos del Institute of Oceanology, del Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, de la University of Chinese Academy of Science, de la Hainan Grand Suntop Ocean Breeding Co., y del Center for Ocean Mega-Science, mediante un análisis de asociación genética usando el genotipado identificaron SNPs relacionados con la resistencia del camarón contra V. parahaemolyticus.

Los científicos emplearon dos poblaciones independientes de L. vannamei, las mismas que fueron desafiadas con V. parahaemolyticus y evaluaron la resistencia y la susceptibilidad del camarón de acuerdo con el tiempo de sobrevivencia después de la infección con el Vibrio. Las dos poblaciones fueron genotipadas de forma separada mediante un panel SNP diseñado basado en la plataforma de secuenciamiento. {mprestriction ids=»*»}

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“Mediante el análisis de la frecuencia de alelos en los grupos resistentes y susceptibles, 30 SNPs estuvieron significativamente asociados con la resistencia del camarón contra la infección de V. parahaemolyticus. Tres SNPs fueron validados mediante el genotipado individual de todas las muestras de la población” reportan los científicos.

Ellos concluyen que el método establecido en su estudio y los SNPs identificados pueden ser usados para la crianza selectiva de reproductores de L. vannamei resistentes a AHPND.

Referencia (abierto):
Qian Zhang, Yang Yu, Quanchao Wang, Fei Liu, Zheng Luo, Chengsong Zhang, Xiaojun Zhang, Hao Huang, Jianhai Xiang and Fuhua Li. Identification of Single Nucleotide Polymorphisms Related to the Resistance Against Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease in the Pacific White Shrimp Litopenaeus vannamei by Target Sequencing Approach. Front. Genet., 02 August 2019 | https://doi.org/10.3389/fgene.2019.00700
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2019.00700/full {/mprestriction}

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