Santiago, Chile.- Un estudio concluye que la selección genómica de bajo costo puede ser aplicado en los programa de reproducción selectiva en la acuicultura, usando un enfoque combinado de paneles de SNP de baja densidad y la imputación del genotipo. Los científicos emplearon como especie modelo a la trucha arco iris.
En la acuicultura los programas de mejoramiento genético se basan en los registros del fenotipo. Para algunos rasgos con relevancia comercial, los fenotipos solo están disponibles en la descendencia de los candidatos seleccionados. Por otro lado, la resistencia a las enfermedades y las características de calidad son difíciles de medir en los animales vivos.
La predicción del mérito genético típicamente se basa en la información del pedigree y los fenotipos de la descendencia de los candidatos seleccionados. En esta situación, solo la mitad de la variación genética es aprovechada.
Debido a la creciente disponibilidad de tecnologías de genotipado, el uso de la información genómica para la evaluación genética se ha convertido en la metodología estándar en la mayoría de las especies con relevancia económica. En los esquemas de reproducción selectiva en la acuicultura, la selección genómica puede incrementar la exactitud de la selección para muchos rasgos relevantes, con la finalidad de acelerar el progreso genético.
La selección genómica aprovecha la información de los Polimorfismos de un solo Nucleótido (SNP) para predecir el mérito genético de un animal. Varios paneles SNP de alta densidad han sido desarrollados para relevantes especies comerciales como el salmón del Atlántico y la trucha arco iris.
Los científicos de la Universidad de Chile, Centre de Recerca Agrigenòmica (CRAG) de España, ICREA (España), Benchmark Genetics Chile y Núcleo Milenio INVASAL emplearon a la trucha arco iris (Oncorhynchus mykiss) como una especie modelo para un programa de reproducción selectiva, con la finalidad de determinar la exactitud de la selección genómica comparado con el método tradicional basado en el pedigree, en diferentes escenarios con una variedad de tasas de error para imitar las diferentes densidades del marcador, además del número de generaciones y los valores de heredabilidad.
“Nosotros simulamos cinco generaciones de un programa de reproducción selectiva de trucha arco iris, usando 1662 individuos con datos del genotipo reales de 42,822 SNP como población fundadora” reportan.
De acuerdo con los científicos, las simulaciones mostraron:
a. un incremento en la exactitud que va de 3 a 25% cuando se compara la selección genómica con el método tradicional, en todos los escenarios,
b. un incremento no lineal en la exactitud para ambos métodos entre generaciones y niveles de heredabilidad, y
c. rendimiento comparable entre los modelos GBLUP0.5 K, GBLUP3K y GBLUP7K en términos de exactitud.
“Concluimos que la selección genómica de bajo costo puede ser aplicado en los programa de reproducción selectiva en la acuicultura, usando un enfoque combinado de paneles de SNP de baja densidad y la imputación del genotipo” concluyen
Referencia:
Pablo Dufflo, Miguel Pérez-Enciso, Jean P. Lhorente, José M.Yáñez. Accuracy of genomic predictions using different imputation error rates in aquaculture breeding programs: A simulation study. Aquaculture, Volume 503, 30 March 2019, Pages 225-230. https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2018.12.061
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0044848618305386
