Genética

Publican genoma de la lubina asiática como nuevo estándar de la genómica en peces

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By Milthon Lujan

Un equipo internacional de científicos ha producido los que probablemente sea el ensamblaje más continuo del genoma de un pez a la fecha.

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{mprestriction ids=»*»}El equipo ha secuenciado el genoma del Lates calcarifer, lubina asiática, que tiene cerca de 670 Mb agrupados en 24 A cromosomas y tiene muchos 10 B cromosomas.

Ellos usaron el SMRT Sequencing de PacBio para superar los ensamblajes fragmentados e incompletos asociados con la data, e incorporaron en mapeo óptico y genético para agregar capas adicionales de información al ensamblaje.

Al final, ellos generaron un recurso de valor increíble que viene siendo compartido con la comunidad. “La calidad del montaje del genoma de la lubina asiática excede el de cualquier otra especie de pez, y servirá como nuevo estándar para la genómica de los peces” escribieron los autores.

Referencia (abierto):
Vij S, Kuhl H, Kuznetsova IS, Komissarov A, Yurchenko AA, Van Heusden P, et al. (2016) Chromosomal-Level Assembly of the Asian Seabass Genome Using Long Sequence Reads and Multi-layered Scaffolding. PLoS Genet 12(4): e1005954. doi:10.1371/journal.pgen.1005954
http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1005954

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