Genética

Imputación del genotipo podría ser una estrategia para la selección genómica en los programas de reproducción selectiva de tilapia

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By Milthon Lujan

Santiago, Chile.- La producción de filete y el peso de cosecha son rasgos económicamente importantes en la producción de tilapia del Nilo. La mejora genética para estos rasgos no existen, debido a la ausencia de métodos eficiente para medir los rasgos sin sacrificar a los peces. Un estudio concluye que la imputación del genotipo puede ser una estrategia barata para la selección genómica en los programas de reproducción selectiva de la tilapia.

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La inversión de programas en crianza selectiva genera retornos económicos debido a que la selección genética tiene como objetivo el mejorar la productividad de importantes rasgos económicos que resultan en cambios permanentes, acumulativos y sostenidos en la población de la granja. En un estudio de simulación se estimó que la tasa beneficio/costo alcanza un máximo de 60/1 con la implementación de una familia basado en programas de reproducción selectiva en tilapia del Nilo.

Hasta ahora los programas de reproducción selectiva en tilapia del Nilo se han basado solo en el pedigree y la información del fenotipo para evaluaciones genética. La incorporación de la información genómica para el análisis genético no ha sido evaluado o implementado en los programas de reproducción selectiva de tilapia.

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El uso de la información genómica para la implementación de la selección genómica viene siendo evaluada en varias especies acuícolas, como por ejemplo el salmón del Atlántico, la trucha arco iris, el salmón coho, carpa común, bagre del canal y la ostra del Pacífico.

El uso de información genómica de paneles densos de SNP proveen la oportunidad para incrementar la tasa de progreso genético en los programas de reproducción selectiva. Sin embargo, el costo de genotipar es alto y se requieren de métodos alternativos para aplicaciones genómicas de bajo costo.

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La imputación de los genotipos reduce el costo de la selección genómica, mediante el genotipado de una pequeña proporción de animales usado un panel denso de SNP y la selección de candidatos usando un panel LD SNP. Los científicos de la Universidad de Chile, Benchmark Genetics Chile y el Grupo Acuacorporacion Internacional (GACI) en Costa Rica, establecieron un estudio de asociación del genoma para diseñar la arquitectura genética e identificar los marcadores moleculares para el crecimiento y la producción de filete; además evaluaron la exactitud de la imputación del genotipo como una estrategia alternativa de genotipado de bajo costo; y, evaluaron la exactitud de la selección genómica para el crecimiento y la producción de filete usando genotipos verdaderos e imputados en la tilapia del Nilo de cultivo.

“La GWAS indica una arquitectura poligénica para la producción de filete y peso de cosecha, con algunos marcadores explicando una pequeña proporción de la varianza genética; indicando que la implementación de la selección asistida por marcadores no puede ser aplicada con éxito para estos rasgos en la presente población de tilapia del Nilo. En constraste, el uso de la selección genómica puede incrementar la respuesta a la selección y una mejora en el progreso genético. El uso de la imputación del genotipo puede reducir los costos de genotipado y permitir la implementación de la selección genómica en los programas de crianza selectiva de tilapia del Nilo” concluyen los científicos.

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Referencia (abierto):
Grazyella Yoshida, Jean Paul Lhorente, Katharina Correa, Jose Soto, Diego Salas, Jose Yanez. Genome-wide association study and low-cost genomic predictions for growth and fillet yield in Nile tilapia (Oreochromis niloticus). bioRxiv 573022 doi: https://doi.org/10.1101/573022
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/573022v1 

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