Sao Paulo, Brasil.- Un estudio permitió identificar miles de SNPs específicos en camarones con las tasas de crecimiento más altas y más bajas, y también en camarones saludables y enfermos expuestos virus del síndrome de la mancha blanca.
Uno de los principales desafíos en la industria camaronera es evitar las pérdidas económicas debido a las limitaciones del crecimiento animal y la muerte de la población comúnmente causada por los patógenos. En un ensayo para detener la propagación del patógeno, el organismo entra en un estrés metabólico oxidativo severo.
Los camarones y otros crustáceos no tienen un sistema inmune real adaptativo como los mamíferos, y ellos dependen de su sistema innato, produciendo una amplia variedad de proteínas inmunes. Los mecanismos y receptores antivirales no son bien conocidos en los crustáceos y algunas estrategias relacionadas con la inmunidad también han sido reportadas, como los ácidos nucleico que cuando se inyectan en el organismo del camarón pueden tener una ganancia en la inmunidad, como las respuestas antivirales.
El camarón Litopenaeus vannamei es uno de las especies más importantes para la acuicultura mundial. No obstante, poca información se conoce sobre los genes y las proteínas que actúan en el crecimiento y las respuestas inmune de esta especie. Ante la falta de un genoma del camarón de referencia, las bases de datos transcriptómicos son esenciales para identificar nuevas variantes moleculares, y también en proveer datos con respecto a las proteínas envueltas en el crecimiento y el sistema inmune.
Los marcadores co-dominantes, incluidos los polimorfismos de nucleótido único (SNP), son altamente informativos y abundantes en los genomas, y han mostrado ser eficientes en los estudios de relación y asociación entre los datos moleculares y fenotípicos en especies como cangrejos y camarones de agua dulce.
Los científicos de Universidade Federal de São Carlos realizaron un estudio para identificar SNPs potencialmente relacionado a las respuestas inmune y el rendimiento en crecimiento en L. vannamei. Ellos analizaron los datos RNA-seq obtenidos de individuos con las tasas más altas y bajas de crecimiento; e infectados y no infectados del virus del síndrome de la mancha blanca (WSSV). {mprestriction ids=»*»}
“Nuestro estudio permitió identificar miles de SNPs específicos en individuos con las tasas de crecimiento más altas y más bajas, y también en camarones saludables y enfermos expuestos al WSSV” informaron.
Ellos informaron que aproximadamente 7000 SNPs fueron detectados en las muestras evaluadas para el crecimiento, siendo 3186 y 3978 exclusivos para individuos con las más altas y más bajas tasas de crecimiento, respectivamente.
“En los animales expuestos a WSSV encontramos cerca de 16 300 SNPs únicos, de los cuales 9338 fueron específicos para camarones no infectados, y 7008 fueron exclusivos para individuos infectados con WSSV y sintomáticos” destacan los investigadores.
Los datos generados por el estudio agregan información relevante a los transcriptomas de los peneidos, debido a que los reportes de SNPs por nextgen in L. vannamei son raros en la literatura. “En general, el grupo de variantes enriquece las bases de datos genómicos para el camarón” concluyen los científicos.
Referencia (abierto):
Santos et al. (2018), Identification of SNPs potentially related to immune responses and growth performance in Litopenaeus vannamei by RNA-seq analyses. PeerJ 6:e5154; DOI 10.7717/peerj.5154 https://peerj.com/articles/5154.pdf {/mprestriction}
