Reino Unido.- La acuicultura de salmónidos tiene un crecimiento explosivo en todo el mundo. Sin embargo, la industria está afectada por enfermedades parasitarias y frecuentemente sufre de mortalidades masivas debido a las floraciones algales peligrosas. La presencia y abundancia de estos organismos potencialmente peligrosos en el ambiente y alrededor de las granjas debe ser monitoreado de cerca.
Los métodos de microscopía tradicionales para la identificación y estimación de abundancia de especies de microalgas y larvas de copépodos consumen bastante tiempo, demandan experiencia y no siempre son exactas.
El análisis del ADN ambiental (eDNA) es un enfoque molecular emergente para la identificación de especies de muestras que contienen ADN celular y extracelular dejados por organismos vivientes. El análisis de eDNA viene siendo empleado con éxito para detectar y monitorear comunidades y poblaciones de microbios y es una herramienta útil para los sistemas de alerta temprano que permitan la detección exacta y estandarizada de especies que son crípticas, inaccesibles y de baja abundancia.
El monitoreo de eDNA podría tener una gran impacto en la capacidad de los productores de salmónidos y sus reguladores para detectar la presencia y abundancia de patógenos y otras amenazas biológicas en el ambiente que rodea a las granjas.
Científicos de University of Edinburgh, de la University of Glasgow, de la University of Tromsø (Noruega) y de Ferskvannsbiologen Ltd emplearon un elaborado diseño experimental mediante el cual diferentes combinaciones de cinco agentes biológicos se cruzaron a tres niveles de abundancia y se expusieron a agua de mar pre-filtrada y normal, previo al filtrado coarse y luego la ultrafiltración de eDNA del material resultante.
“Luego nosotros comparamos el método de secuenciamiento de bajo costo Ion Torrent contra la plataforma Illumina estándar de oro para la detección de eDNAseq en la acuicultura” informaron.
Basado en el amplicon-seq de 18S SSU rDNA v9 región, los científicos encontraron que Illumina y Ion Torrent fueron igual de buenos para identificar dos especies de parásitos (Lepeophtheirus salmonis y Paramoeba perurans), mientras que las especies de microalgas Prymnesium parvum, Pseudo-nitzschia multiseries y P. delicatissima pueden ser asignadas correctamente solo a nivel de género. {mprestriction ids=»*»}
“Illumina e Ion Torrent también fueron igual de capaces de reflejar la composición de la comunidad en nuestras muestras, mientras que Ion Torrent fue más sensible en detectar la riqueza de especies cuando el medio fue agua de mar sin filtrar” reportan.
Ellos concluyen que eDNAseq ofrece un potencial significativo en el monitoreo de especies peligrosas para la acuicultura y para este propósito, el secuenciamiento de bajo costo Ion Torrent es igual de precios como Illumina.
Referencia (abierto):
Lucy Peters, Sofie Spatharis, Maria Augusta Dario, Inaki J. T. Roca, Anna Kintner, Oyvind Kanstad-Hanssen, Martin S. Llewellyn, Kim Praebel. Environmental DNA: a new low-cost monitoring tool for pathogens in salmonid aquaculture. bioRxiv
doi: https://doi.org/10.1101/215483
https://www.biorxiv.org/content/early/2017/11/08/215483 {/mprestriction}
