Genética

NanDeSyn: Una base de datos para promover la cooperación internacional en la microalga Nannochloropsis

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By Milthon Lujan

China – La industria de las microalgas que producen aceite, en particular de las especies de Nannochloropsis, pueden usar la energía luminosa para convertir el dióxido de carbono y agua en aceites a gran escala. Por lo tanto, las microalgas son una solución potencial para el suministro sostenible de alimentos, nutrición y combustible para la sociedad humana.

Para promover el intercambio de recurso y cooperación en investigación para la biología sintética y la reproducción molecular de microalgas de uso industrial para la producción de aceite, un equipo internacional liderado por el Single-Cell Center (SCC), Qingdao Institute of Bioenergy and Bioprocess Technology (QIBEBT) de la Chinese Academy of Sciences (CAS), ha publicado la «NanDeSyn Database» (http://www.nandesyn.org).

Nannochloropsis spp. es una microalga industrial que puede crecer al aire libre a gran escala para la producción de aceites. Esta alga tiene características muy atractivas como una “levadura fotosintética”, con un genoma nuclear haploide de ~ 30 M de pares de bases, transformación de ADN simple y confiable, alta eficiencia en la edición del genoma y técnicas flexibles de regulación de la expresión génica.

La comunidad mundial de investigación de Nannochloropsis ha acumulado una gran cantidad de datos genómicos funcionales, así como recursos genéticos como plásmidos y cepas mutantes.

La «NanDeSyn Database», desarrollado por investigadores del Korea Advanced Institute of Science and Technology (KAIST), recopila e integra de forma sistemática datos genómicos y epigenéticos funcionales, incluidos las últimas secuencias del genoma, anotaciones de genes, transcriptomas, proteomas y ARN pequeños de todas las especies de Nannochloropsis.

La base de datos incluye anotaciones de genes, y datos del transcriptoma y proteómica de seis especies de Nannochloropsis, incluido dos genomas actualizados de N. oceanica IMET1 y N. salina CCMP 1776.

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Al mismo tiempo, las herramientas de extracción de datos en línea, como la búsqueda de genes, la comparación de genomas, el análisis de colinealidad, el análisis de enriquecimiento de genes, el análisis de vías metabólicas y el navegador de genomas, se proporcionan a través del sitio web.

La base de datos contiene información sobre la literatura científica, muestra el estado actual de la investigación de cada gen, así como los vectores y cepas mutantes correspondientes, para promover el intercambio gratuito de estos materiales de investigación.

Detrás de la base de datos NanDeSyn hay una red de investigación colaborativa internacional abierta. Además de QIBEBT, la red también incluye a KAIST, Ulsan National Institute of Science and Technology (UNIST, Korea), Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology (KRIBB, Korea), Chungnam National University (CNU, Korea), MSU-DOE Plant Research Laboratory, Michigan State University (PRL, USA), French Alternative Energies and Atomic Energy Commission (CEA, France), Ruhr University Bochum (RUB, Germany), Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology (QNLM, China), Ocean University of China (OUC, China), University of Maryland (UMD, USA), Institute of Hydrobiology, CAS (IHB, China), University of Illinois (UI, USA), entre otros.

Sobre la base de datos NanDeSyn, esta red de investigación colaborativa internacional desarrollará conjuntamente los estudios en Nannochloropsis para mejorar la producción fotosintética de aceites a partir de dióxido de carbono.

El trabajo de los investigadores viene siendo apoyado por la National Natural Science Foundation of China, la National Key Research and Development Program, la Natural Science Foundation of Shandong Province, y el Ministry of Science, Technology, Information and Communication of Korea.

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Referencia:
Yanhai Gong Nam Kyu Kang Young Uk Kim Zengbin Wang Li Wei Yi Xin Chen Shen Qintao Wang Wuxin You Jong‐Min Lim Suk‐Won Jeong Youn‐Il Park Hee‐Mock Oh . 2020. The NanDeSyn Database for Nannochloropsis systems and synthetic biology. the plant Journal. 

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