Oslo, Noruega.- Científicos de la University of Oslo (UiO) siguen descubriendo sorpresas en el genoma del bacalao del Atlántico. El estudio más reciente ha revelado una inusual cantidad de secuencias de ADN cortas e idénticas, que podría dar al bacalao una ventaja evolutiva.
Hace diez años, los científicos de la Norwegian Institute for Water Research (NIVA) capturaron a “Calvin el bacalao” y lo sacaron de las aguas frías del Ártico durante una expedición oceanográfica al Mar de Barents y la costa norte de Noruega y el archipiélago de Lofoten.
En el año 2008, los científicos en la University of Oslo iniciaron un proyecto: ellos querían mapear el genoma de un pez de gran importancia económica, el bacalao del Atlántico. Este proyecto tuvo éxito, y los científicos del genoma del bacalao han encontrado muchas sorpresas, basados en sus estudios del genoma de Calvin.
Solo para nombrar los dos descubrimientos más importantes: ellos descubrieron un extraño y único sistema inmune en el bacalao en el 2011 y en el 2016 ellos encontraron un gen del sexo que puede hacer que la piscicultura del bacalao sea rentable.
Nuevo descubrimiento en el genoma del bacalao
El candidato a doctor Ole Kristian Tørresen y el ingeniero principal Lex Nederbragt en el Institute of Biosciences and Centre for Ecological and Evolutionary Synthesis (CEES) han realizado un análisis más detallado y una vez más el genoma del bacalao muestra sorpresas.
“El nuevo logro esta vez es que hemos combinado los datos de tres diferentes técnicas de secuenciamiento de ADN. Por lo tanto, hemos logrado mapear el genoma del bacalao en una forma más detallada que lo que era posible anteriormente. Al mismo tiempo, hemos encontrado las razones por la cual ha sido difícil mapear el genoma detallado antes. La razón es que este genoma contiene una cantidad extraordinaria de las llamadas repeticiones tándem cortas, lo que significa que la secuencias cortas de las moléculas base del ADN se repiten muchas veces en sucesión” relató Ole Kristian Tørresen.
La base para esta observación es que los genomas de todos los organismos son escritos en un “alfabeto” que consiste solo de cuatro moléculas nucleobase: adenina (A), timina (T), guanina (G) y citosina ©.
93% del genoma mapeado
“Estamos hablando de repeticiones tándem cortas cuando encontramos por ejemplo la combinación ‘AC’ varias veces en sucesión en las secuencias de ADN. Pero también cuando las secuencias de ADN lee por ejemplo solo ‘A’ varias veces en la sucesión, o tal vez ‘CGA’, este es clasificado como tándem repetido. La conclusión es que es muy difícil entender como realmente se ven las secuencias de ADN contiguas, cuando estás repeticiones tándem parecen componer una enorme cantidad de piezas exactamente iguales en un rompe cabeza enorme” explicó Lex Nederbragt. {mprestriction ids=»*»}
El genoma del bacalao del Atlántico consiste de aproximadamente 700 millones de pares de bases de ADN. Con el reciente estudio, los científicos han estudiado el 93% del genoma y han logrado asignar las secuencias a los 23 cromosomas del bacalao. Por lo tanto, ellos han logrado llenar muchos de los “agujeros” que quedaron después de los estudios anteriores.
Referencias (abiertos):
– Ole K. Tørresen, Bastiaan Star, Sissel Jentoft, William B. Reinar, Harald Grove, Jason R. Miller, Brian P. Walenz, James Knight, Jenny M. Ekholm, Paul Peluso, Rolf B. Edvardsen, Ave Tooming-Klunderud, Morten Skage, Sigbjørn Lien, Kjetill S. Jakobsen, Alexander J. Nederbragt. An improved genome assembly uncovers prolific tandem repeats in Atlantic cod. BMC Genomics, 2017; 18 (1) DOI: 10.1186/s12864-016-3448-x
http://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-016-3448-x
– Ole Kristian Tørresen, Bastiaan Star, Sissel Jentoft, Kjetill S. Jakobsen, Alexander J. Nederbragt. The new era of genome sequencing using high-throughput sequencing technology: generation of the first version of the Atlantic cod genome. Genomics in Aquaculture, December 2016 DOI: 10.1016/B978-0-12-801418-9.00001-9
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/B9780128014189000019
– Bastiaan Star, Alexander J. Nederbragt, Sissel Jentoft, Unni Grimholt, Martin Malmstrøm, Tone F. Gregers, Trine B. Rounge, Jonas Paulsen, Monica H. Solbakken, Animesh Sharma, Ola F. Wetten, Anders Lanzén, Roger Winer, James Knight, Jan-Hinnerk Vogel, Bronwen Aken, Øivind Andersen, Karin Lagesen, Ave Tooming-Klunderud, Rolf B. Edvardsen, Kirubakaran G. Tina, Mari Espelund, Chirag Nepal, Christopher Previti, Bård Ove Karlsen, Truls Moum, Morten Skage, Paul R. Berg, Tor Gjøen, Heiner Kuhl, Jim Thorsen, Ketil Malde, Richard Reinhardt, Lei Du, Steinar D. Johansen, Steve Searle, Sigbjørn Lien, Frank Nilsen, Inge Jonassen, Stig W. Omholt, Nils Chr. Stenseth, Kjetill S. Jakobsen. The genome sequence of Atlantic cod reveals a unique immune system. Nature, 2011; 477 (7363): 207 DOI: 10.1038/nature10342
http://www.nature.com/nature/journal/v477/n7363/full/nature10342.html
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