Guangzhou, China.- Científicos caracterizaron la microbiota de 12 especies acuáticas (camarón, tilapia, carpa, entre otros) y recomiendan el desarrollo de probióticos de precisión incluyendo el uso de la metagenómica.

El uso de probióticos se ha vuelto muy popular para mejorar la condición de salud de los animales en cultivo y para mantener el balance ambiental. El desarrollo tradicional de probióticos, usualmente inicia desde la obtención de cepas bacterianas, seguido por el cribado in vivo, experimentos in vivo a escala piloto, y pruebas de patogenicidad. El resultado de este proceso empírico es impredecible.

La mayoría de probióticos propuestos como agentes de control biológico en la acuicultura provienen del grupo de las bacterias del ácido láctico (LAB), como Lactobacillus, Lactococcus, Carnobacterium, Pediococcus, Enterococcus, y Streptococcus, aunque otros géneros o especies como Vibrio, Bacillus, Pseudomonas, también han sido reportados.

El enfoque de la metagenómica ha permitido mejorar nuestro conocimiento de la microbiota del intestino de los animales acuáticos. Científicos de la Guangzhou Institute of Advanced Technology, del Shenzhen Institutes of Advanced Technology y de Alpha Feed Co. Ltd sistemáticamente caracterizaron el microbiota del intestino de 12 especies de animales acuáticos: Strombus gibberulus (conch), Litopenaeus vannamei (camarón blanco), Macrobrachium rosenbergii (camarón gigante de río), Scylla paramamosain (cangrejo), Paramisgurnus dabryanus (locha), Ctenopharyngodon idellus (carpa herbívora), Carassius carassius (carpa cruciana), Parabramis pekinensis (whitebream), Oreochromis mossambicus (tilapia), Mugil cephalus (lisa), Epinephelus lanceolatus (mero), y Oxyeleotris marmorata (marbled sand goby).

“Nuestro estudio sugiere que la microbiota del intestino, incluido LAB, fueron huésped específicos, y explícitamente diferente de la composición bacteriana en el hábitat ambiental local” reportan los científicos.

Ellos indican que sus hallazgos respaldan el concepto de “microbiota núcleo en el intestino” en los animales acuáticos, donde diferentes grupos núcleos de géneros bacterianos dominan las composiciones de la microbiota del intestino en animales diferentes. “Por consiguiente, se hace necesario el desarrollo de ‘prebiótico de precisión’, debido a que estas especies microbianas endógenas pueden adaptarse mejor a los aspectos evolutivos conservados, como la morfología del tracto digestivo, fisiología e inmunidad.

Para el desarrollo de probióticos de precisión para los animales acuáticos, los científicos proponen un flujo de trabajo de selección no-empírico para primero identificar las abundancia de especies LAB en un huésped objetivo, orientado por el análisis metagenómico de la microbiota del intestino, seguido por los pasos tradicionales en el desarrollo de los probióticos.

“Dos cepas LAB cultivadas, Enterococcus faecalis LS1-2 y Enterococcus faecium Z1-2, capturaron los mayores LAB OTUs en el grupo de datos secuenciados de la mayoría de muestras de animales y mostraron significativas actividades antimicrobianas contra los patógenos de los camarones, nosotros sugerimos que sean candidatos de probióticos para camarones” concluyen.

Referencia:
Cui, J., Xiao, M., Liu, M., Wang, Z., Liu, F., Guo, L., Meng, H., Zhang, H., Yang, J., Deng, D., Huang, S., Ma, Y. and Liu, C. (2017), Coupling metagenomics with cultivation to select host-specific probiotic micro-organisms for subtropical aquaculture. J Appl Microbiol, 123: 1274–1285. doi:10.1111/jam.13555
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/jam.13555/full