Aberdeen, Reino Unido.- El salmón del Atlántico enfrenta dramáticos cambios fisiológicos debido a que ellos migran de agua dulce al ambiente marino. Las adaptaciones osmorreguladoras es el cambio más importante, necesita adaptaciones funcionales de las branquias, riñones e intestino. Adicionalmente, nuevos patógenos, microbios y alimentos son encontrados en el ambiente marino, lo cual sugiere cambios importantes en la microbiota intestinal después de la migración a agua de mar.

El intestino de los salmónidos es un órgano funcional complejo, crucial para muchas funciones entre las cuales se incluye la absorción de nutrientes, vigilancia inmunológica y la osmorregulación, especialmente durante la transición de agua dulce a agua de mar. En agua de mar, los peces beben continuamente para contrarrestar la pérdida de agua en un ambiente hiperosmótico, por consiguiente incrementa la alcalinidad luminal. Además, mientras que los roles nutricionales se mantienen constante, las funciones de osmorregulación cambian, lo cual a su vez altera las composiciones físico-químicas en el intestino.

Los microbios del intestino juegan roles claves en la absorción de nutrientes y la protección de patógenos. La colonización del intestino por microbios específicos puede estar correlacionado con factores físico-químicos que incluyen la acidez gástrica, las enzimas digestivas y las sales biliares. 

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